使者来到碣石，见卢生已经跑了，就抓住了几个无关紧要的人。使者四处通缉卢生，见他逃得无影无踪，就只好把这几个人带到咸阳来始皇帝。皇帝就审问他们，这些人便说了前面的那些话。始皇帝听说卢生逃走时还如此痛骂他，勃然大怒，道：“朕招募方术之士，无非是让他们替朕寻找长生之术，多年过去了，国家已经耗费了数以亿计的钱财，徐福还拐走了几千名童男童女，茅盈劝朕修建兰池，竟然一无所获，现在卢生又如此冒犯朕，使天下之人都指责朕的过失。这些术士实在是可恶至极！”李斯早对方术士不满，又因为咸阳的读书人都痛骂他，就趁机进言道：“陛下，臣已经调查过了，这些方术之士个个刁钻奸诈，不学无术，只会用歪门邪道来骗钱，没有一个是真心替陛下求福的。可恨的是他们还与咸阳的一些儒生混在一起，大肆谤政，谩骂朝廷，惑乱人心。此现象比以前更加严重了，有些人还对朝廷的禁令无动于衷，尤其是焚书之后，咸阳的一些文学士子，他们公然聚在一起，不是在大听广众之下，还是在街巷小胡同里大发牢骚，痛骂陛下，诅咒陛下，甚至还有人企图煽动人们起来造反！卢生的话和他们如出一辙，请陛下纳臣之谏，坚决制止这种事情，千万不能让这些竖子乱了秦国的法度啊？”李斯还搜罗了许多证人，说儒生们是怎样骂皇帝的。
始皇知道了这些情况后，确实就恼了，他便痛心地说：“朕招募文学之士，就是为了让他们替朕建言献策，谋求国家的建设发展，他们却和术士们勾结在一起，谤政辱朕，这就是图谋不轨！”于是即刻降诏，把咸阳所有的方术之士和儒生们全部抓起来，就有七八百人。
那些掌管监狱的官员为了显示他们的才能，就对这些人严刑逼供。这些人中，确实也有很多人见自己没有了书读，就骂皇帝是混蛋，也议论说这就是baozheng。官员就把人名一一上报。始皇心想：全国的典籍都烧了，读书人还可以用自己的学问来褒贬时政，若是把他们都杀了，谤政之风就一定会停止。就问李斯：“违犯禁令的人很多，应该怎么处治？”李斯道：“周朝的时候，人们纷纷著书立说，向君主表达治国的观点，他们都称为贤人。现在国家统一了，法律和各项制度也统一了，人们的思想和言行也应该统一。焚书之前，朝廷就已经有令在先：‘有妄议朝政和谈论诗、书即百家语的，通通要治罪。’现在应该按照诏令执行。”始皇帝就把违犯禁令的四百六十多人全部定为死罪，并且通令全国，立即停止言论自由。这样自春秋战国以来，社会各阶层兴起的贤哲名儒，他们著述立说，百家争鸣的局面就到此结束了。
始皇帝焚毁诗书，又杀了一些读书人，怕引起朝中学者们的不安，一日就召集众博士，试探着问他们：“朕听说五帝实行禅让制，而夏商周三代的君王实行世袭制，朕应该如何传承王位呢？”众博士怕招来灾祸，都不敢说话。博士鲍白令之却上前道：“陛下想以天下为公，就应该实行禅让制度，想以天下为私，就实行世袭制度。五帝是以天下为公有，三王是以天下为私有。”始皇仰天长叹道：“朕德高三皇，功过五帝，当然是实行禅让制了，谁人可以在朕之后接替天下呢？”鲍白令之看出了始皇的真实想法，就直言不讳道：“陛下行桀、纣之道，推行baozheng，想实行五帝的让贤制度，不是本意啊！”始皇闻言大怒，道：“狂徒，竟敢诅咒朕？你凭什么说朕行的是桀、纣之道？快说来听，不然就杀了你！”鲍白令之不慌不忙地说：“陛下修建上接云霄的射雁台，又修建连绵五里的阿房宫，在殿前铸造重达千石的大钟鼓，万石的钟鼓架。你又开凿大陵，挖到地下千丈深；建宫室，从雍门往东长达三百里。宫娥嫔妃成千上万，歌舞杂技艺人充满宫室。陛下为一己之欢而耗尽了天下的资财，偏颇自私而竭尽全国的民力，您岂能与五帝比德，又怎能以天下为公有？您说这话，真是大言不惭啊？”始皇帝听了这话，简直气的满脸通红。