蒲子轩与幼儿妖怪的战斗发生在浙西，十日之后的六月十六，西元一八六肆年七月十九日凌晨，另一条江苏战线上，化名为冯玉良的苏三娘正傲然伫立于天京城太平门城墙上，女扮男装，与三千“圣兵”一道，面对着墙外曾国藩率领的湘军主攻部队。在满月与灯火映衬下，其身影如同当初在昆仑山逆境中时那般英悍而挺拔。
之前，苏三娘听闻洪秀全死讯，深知太平天国已危在旦夕，从仙剑堂走得急促，早在蒲子轩一行抵达昌化县六日前，便已快马加鞭抵达了位于江苏省太平天国的首都天京。
此时，太平天国的“皇帝”已换成年仅十四岁的洪天贵福，一切军政事务则统归忠王李秀成执掌。由于李秀成当年随石达开征战安庆时见过“冯玉良”，天京又正是用材之际，苏三娘无需费力便取得了李秀成及幼天王的信任，以“沙王”之名义率众死守天京，一晃已殊死抵抗半月有余。
这场战争，最终攻城决战虽尚未开始，其整个历程，从西元一八六二年三月曾国荃部离安庆东下算起，已然持续两年有余。
一八六二年到一八六三年的五月，苏三娘正随着石达开在西南地区开疆扩土，后遇到妖王犀渠强势介入，败走大渡河。而在江苏主要战场，洪秀全及一干将士也是独木难支，其控制领土不断被清军蚕食。
一八六二年五月，湘军攻占当涂、芜湖、板桥、秣陵关、大胜关、三汊河，直逼雨花台后，天京便已处于湘军直接威胁之下。
七月十一日，西南屏障安徽省宁国府被攻破。杨辅清、洪仁玕从皖南回援天京，夜袭湘军不敌。
之后的一年多，洪秀全虽命李秀成反击，又占领数座城池，企图分担天京压力，然而由于粮食短缺、湘军增兵，李秀成又不得不于一八六三年六月率部由九洑洲南渡返京勤王，一路战死饿死者达十万人。此时，石达开在成都公堂受审，慷慨陈词，令主审官崇实理屈词穷，无言以对，后从容赴死。
九月，曾国荃部攻占天京城东南的上方桥和城西南的江东桥，十一月又连续攻占了城东南的上方门、高桥门、双桥门、七桥瓮以及秣陵关、中和桥，太平军在紫金山西南的要点全部失守。此时，苏三娘已在凤洲岛遭遇伏魇夺取记忆，无力回援。
一八六肆年二月，湘军攻占了紫金山巅的天保城。三月，曾国荃部合围天京之后，用云梯攻城，被天国守军击败。
五月，苏三娘随仙剑堂在广西死战秦邕时，洪秀全预感大势已去，又在天京城内修筑“月城”，已供城破之后作最后的抵抗。
此时，围城的曾国荃湘军只有七万人，太平天国守军还有十四万“圣兵”，忠王李秀成力谏洪秀全弃城，洪秀全将其痛骂后，进一步采取了全民皆兵的策略，宣扬上帝会来拯救天国，又团结起了军心，让湘军屡屡尝试攻城战却无功而返。
就在满城军民看到一丝生存曙光之际，六月一日，洪秀全，这位太平天国的缔造者，十四年来的精神领袖，突然病亡，享年五十岁。