早在离京之前，唐毅就找到了高拱，进行了一番恳谈，新政变法进行了五年，成绩斐然，同时也问题多多。
如今内阁之中，高拱年过六十，赵贞吉比他还大得多，另外陈以勤多病体弱，承担不了繁重的政务，内阁势必要调整。
再有随着国策改变，加征商税，面向海外，政务繁杂程度一下子增加了十倍不止，六部九卿疲于奔命，也难以应付。
新政下一步的重点就是官制调整，唐毅定下两大主轴，第一内阁权威只能增强，不能减弱，阁老一致原则不变，大学士要保证在五至九个之间，多则纷乱失序，少则专权独断。
高拱虽然喜欢揽权，但是操劳了多年，他也知道自己能力的极限，偌大的朝廷，纷繁的内外事务，绝不是他一个人能扛得起来。
至于六部的问题，唐毅希望是进行彻底调整，最好能分成十几个部门，每个对应一摊。高拱也赞赏这个想法，但是他却认为难以一下子落实，毕竟六部从周公的时候就存在，绵延两千年，早已经习惯了，骤然废除六部，势必引起所有人的反弹，包括陛下在内。
其实唐毅也清楚，他只是抛砖引玉，见高拱反对，立刻抛出了南北六部合并的设想。原有的框架不变，官职不变，只是把南京养老的虚位变成实际的职务。
高拱左思右想，欣然同意。
当然考虑到会有强烈的反弹，所以唐毅才陪着隆庆南巡，由他摆平皇帝，解决南六部的人选，至于高拱，则是以他的强势，压制京城反扑的力量，然后两个人南北合力，一面裁撤，一面增加，迅速把官制改革这块硬骨头给啃下来。
按照计划，六部尚书变成了十二个，每一部两个，称为左右尚书，以左为尊，统领本部事务。所有侍郎平级，不在区分左右，只是承担具体政务不同。
以户部为例，左尚书执掌预算、户籍、田赋，右尚书专职商税，每人拥有一位侍郎作为副手，另外两位侍郎分管关税和工商。
户部的职能由原本单纯的户籍，税收，变成制定财政预算，规划工商发展方向，积极拓展海外经济，从一个静态的衙门，变成了富有进取心的战斗群体。
兵部大约也是如此，增加了一位尚书，两位侍郎，原本属于户部的军需部分还给了兵部，左尚书负责制定国防方略，调动兵力，右尚书负责后勤、招兵、选拔武将等等事务，其余四位侍郎除了协助尚书之外，遇到战事，要外调总督巡抚，协调战区事务。这样一来，兵部成了名副其实的出将入相，权柄变得极重。
吏部除了增加一位尚书之外，同时还拿到了一项至关重要的权力，主持科举考试的权力落到了吏部头上。
其实在唐朝的前期，科举刚刚产生，是由吏部主持考试，后来才落到了礼部头上，唐毅这一次改制，把这项权力还给了吏部，相应的吏部掌握了从人才选拔，到官职推荐，以及考核评定的全套权柄。